Sekwencjonowanie genetyczne w czasie rzeczywistym narzędziem w walce z superbakteriami

Jak podaje agencja Reuters, naukowcy wykorzystali metodę sekwencjonowania genetycznego, aby skontrolować rozwój superbakterii MRSA. Badania te mogą doprowadzić do szybszego i skuteczniejszego leczenia całej gamy chorób. Prace te, przeprowadzone przez naukowców z Wellcome Trust Sanger Institute z Uniwersytetu Cambridge we współpracy z Illumina Inc.(firma zajmująca się sekwencjonowaniem genetycznym), są jednymi z wielu przedsięwzięć naukowych mających na celu znalezienie technik pozwalających wykryć chorobę jak najwcześniej, co umożliwi skuteczniejsze leczenie i doprowadzi do oszczędności w sektorze opieki medycznej.

Wielu badaczy korzysta z metody sekwencjonowania genetycznego, która pozwala na zidentyfikowanie markerów genetycznych dla różnych dolegliwości.

MRSA to odporna na leki wersja gronkowca złocistego, nazywana superbakterią. Zabija ona około 19 000 osób rocznie, w samym tylko USA. Nawet jeśli chory wyzdrowieje, może ona około dwukrotnie wydłużyć czas pobytu w szpitalu. Ponadto, wykrycie przypadków zachorowań często prowadzi do zamknięcia całych oddziałów szpitalnych, a następnie do długotrwałego dochodzenia przyczyn.

Naukowcy z Wellcome Trust Sanger Institute w swoich badaniach wykorzystali próbki MRSA, zachowane od czasu kiedy pojawiła się na oddziale noworodków w jednym ze szpitali w 2009. Badaczom udało się zidentyfikować, które szczepy MRSA mogą powodować wybuch epidemii, a które nie, wystarczająco szybko, aby móc zdusić rozwój choroby w zarodku wcześniej niż pozwalają na to stosowane powszechnie metody.

Nie jest to jednak jedyne tego typu badanie. Miesiąc wcześniej w magazynie BMJ Open swoje badania opublikowali naukowcy z Oxfordu, którzy również współpracowali z Illumina Inc. i kilkoma szpitalami. Niemniej jednak biorący udział w projekcie mikrobiolog Derrick Cook ostrzega przed nadmiernym optymizmem. „Potrzeba miesięcy i tysięcy funtów na takie przetwarzanie sekwencji genów przy zakażeniach szpitalnych” – mówi.

Eksperci twierdzą, że obecne techniki analizowania MRSA nie dają wystarczająco szczegółowych danych, dlatego do tej pory analiza genetyczna była wykonywana raczej już po wybuchu zakażenia. Służyła ona głównie do wyciągania wniosków na przyszłość.

Jak choćby w roku 2011, podczas wybuchu epidemii zakażeń bakterią E.Coli w Europie. Postępy w technikach sekwencjonowania uczyniły ten proces znacznie szybszym.

Naukowcy są zadania, że tego typu technologie mogą w przyszłości stanowić podstawę do regionalnych lub krajowych programów nadzoru zakażeń szpitalnych, co pozwoliłoby na zażegnanie zagrożenia, zanim naprawdę nadejdzie. Dotyczy to nie tylko MRSA, ale także infekcji takich jak salmonella czy E. coli.

Pomimo postępu technologii, wciąż jeszcze pozostaje do pokonania wielu przeszkód, zanim monitorowanie szpitali prze pomocy technik sekwencjonowania genetycznego stanie się codziennością.

Shanon Peacock z Uniwersytetu w Cambridge zauważa, że następnym krokiem jest stworzenie oprogramowania, które pozwoli na przedstawienie danych w taki sposób, aby były zarazem zrozumiałe dla lekarza i przydatne szpitalowi. Dodaje również, iż mimo że wprowadzenie nowoczesnych metod jest kosztowne, nowy rodzaj sekwencjonowania jest tańszy niż stosowane dzisiaj, mniej efektywne metody, dlatego należy przeprowadzić dokładną analizę kosztów.

Geoffrey Smith z Illuminy, który brał udział w badaniach, zauważa że wyniki pokazują, „jak zaawansowane formy sekwencjonowania genetycznego mogą dostarczyć niezbędnych informacji i pomóc w walce z epidemiami szpitalnymi w jak najkrótszym czasie”.